Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde gerçekleştirilen yeni görev dağılımıyla birlikte, eski İstanbul Emniyet Müdürü Mustafa Çalışkan’a teşkilatın en kritik başkanlıkları emanet edildi. Emniyet Genel Müdür Yardımcılığı görevini yürüten Çalışkan; Terörle Mücadele, Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele, Narkotik ile Özel Harekat başkanlıklarının idaresinden doğrudan sorumlu kılındı.
Emniyet teşkilatındaki üst düzey yapılanmada adı öne çıkan Çalışkan, İstanbul’daki emniyet müdürlüğü vazifesi esnasında dönemin İçişleri Bakanı Süleyman Soylu ile yaşadığı iddia edilen restleşmeyle gündeme gelmişti. Taraflar arasındaki gerilime dair öne sürülen iddialardan birinde, dönemin bakanının oğlunun kullandığı aracın polis çevirmesinde aranması sonrasında Soylu’nun açtığı telefonun Çalışkan tarafından meşgule atıldığı ileri sürülmüştü.
İki isim arasındaki anlaşmazlık iddialarında Sedat Peker’e tahsis edilen koruma polisi konusu da yer bulmuştu. Peker, internet üzerinden paylaştığı kayıtlardan birinde dönemin bakanına hitap etmişti:
Bana koruma polisini sen vermedin mi?
Soylu ise söz konusu iddiaya yanıt verirken koruma kararının Çalışkan’ın Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü yaptığı döneme ait olduğunu belirtmiş ve kararın altında Çalışkan’ın imzasının bulunduğunu savunmuştu.
Hakkında açığa alınacağına dair iddiaların yayıldığı dönemde sessizliğini bozan Çalışkan, söz konusu söylentilere şu ifadelerle karşılık vermişti:
Türkiye’deki en dürüst insanı neden dolayı açığa alacaklar çok merak ediyorum. Çıksın bir görelim bakalım. Türkiye’de insanlar var. Dürüst siyasetçiler var. En başta Sayın Cumhurbaşkanı var. Mustafa Çalışkan gibi bir insanı açığa kim alacak, nasıl alacak bir görelim bakalım. Çok merak ettim